26 Mayıs 1905'te İstanbul'da doğdu. Çocukluğu, büyük babasının İstanbul Çemberlitaş'taki konağında geçti. İlk ve orta öğrenimini Amerikan ve Fransız Kolejleri ile Bahriye Mektebi'nde (Askeri Deniz Lisesi) tamamladı. Lisedeki hocaları arasında Yahya Kemal, Ahmet Hamdi(Akseki), İbrahim Aski gibi isimler vardı. Necip Fazıl hocalarından en çok İbrahim Aski'nin etkisinde kalmıştır. Tasavvufla ilk tanışması da hocası İbrahim Aski'nin verdiği kitaplarla olmuştur.
Necip Fazıl Kısakürek, İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Felsefe Bölümü'nü bitirdikten (1924) sonra, Milli Eğitim Bakanlığı bursu ile gönderildiği Fransa'da, Sorbonne Üniversitesi Felsefe Bölümü'nde okudu. Türkiye'ye dönüşünde Hollanda, Osmanlı ve İş Bankalarında müfettiş ve muhasebe müdürü olarak çalıştı. Robert Kolej, İstanbul Güzel Sanatlar Akademisi, Ankara Devlet Konservatuarı, Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih-Coğrafya Fakültesi'nde ders verdi(1939-43). Sonraki yıllarında edebiyata yönelerek fikir ve sanat çalışmaları dışında başka bir işle meşgul olmadı.
Necip Fazıl, annesinin arzusuyla şair olmak istedi (bunu düşündüğünde henüz 12 yaşındaydı) ve ilk şiirleri Yeni Mecmua'da yayımlandı. Milli Mecmua, Anadolu, Varlık ve Yeni Hayat dergilerinde çıkan şiirleriyle kendinden söz ettirmeyi başardı. Daha sonra Paris'e gitti ve dönüşünde yayımladığı Örümcek Ağı ve Kaldırımlar adlı şiir kitaplarıyla edebiyat dünyasında patlama yaptı. Necip Fazıl bu eserleriyle genç yaşta şöhreti yakalayarak, çağdaşı şairlerin önüne çıkmayı başardı. Edebiyat çevrelerinde hayranlık aynı zamanda heyecan uyandırdı. 1932'de Ben ve Ötesi adlı şiir kitabını çıkardığında henüz otuz yaşına basmamıştı.
Necip Fazıl için 1934 yılı hayatının dönüm noktası oldu. Çünkü hayat felsefesinin değişmesine neden olan ve Beyoğlu Ağa Camii'nde vaaz vermekte olan Abdülhakim Arvasi ile bu dönemde tanıştı. Ve bu kişiden bir daha kopmadı. Necip Fazıl'ın, üstün bir ahlak felsefesini savunduğu tiyatro eserlerini birbiri ardına edebiyatımıza kazandırması bu döneme rastlar (Tohum, Para, Bir Adam Yaratmak).
Necip Fazıl aralıklarla gidip uzun sürelerle kaldığı Ankara'ya üçüncü gidişinde, bazı bankaların da desteğini sağlayarak 14 Mart 1936'da haftalık Ağaç dergisini çıkarmıştır. Yazarları arasında Ahmet Hamdi Tanpınar, Ahmet Kutsi Tecer, Mustafa Sekip Tunç'un da bulunduğu Ağaç dergisi, yeni kapanan Yakup Kadri'nin Kadro dergisi yazarları Burhan Belge, Vedat Nedim Tör, Şevket Süreyya Aydemir ve İsmail Hüsrev gibi yazarların savunduğu ve dönemin etellektüellerini hayli etkilemiş bulunan materyalist ve marksizan düsüncelerine karşı spiritüalist ve idealist bir çizgi izlemiştir. Ankara'da altı sayı çıkan Ağaç dergisi daha sonra İstanbul'a nakledilmiş ancak fazla okur bulamadığından haftalık Ağaç dergisi 17'nci sayıda kapanmıştır.
Necip Fazıl, 1943 yılında dinsel ve siyasal kimliği ön plana çıkan Büyük Doğu adlı dergiyi çıkardı. 1978 yılına kadar aralıklarla haftalık, günlük ve aylık olarak çıkarılan Büyük Doğu'da iktidarlara cephe alan Kısakürek, yazı ve yayınları yüzünden mahkemelik oldu, hapse girdi ve dergi birçok kez kapatıldı. Sultan Abdülhamit taraftarı olan Necip Fazıl giderek İslamcı kesimin önderlerinden biri oldu. Ağaç dergisinde olduğu gibi, Büyük Doğu'nun ilk sayılarında da yazar kadrosu hayli kozmopolittir. Bedri Rahmi, Sait Faik gibi yazarların imzası dergi sayfalarında görülmektedir. Ancak, Büyük Doğu, dinsel bir kavga organı durumuna gelince bu yazarların bir kısmı ayrılmıştır. Necip Fazıl 1947 yılında Büyük Doğu toplatılınca Kasım-Aralık ayları arasında üç sayı devam eden Borazan adlı siyasal mizah dergisini çıkarmıştır. Sık sık kapatılan veya toplatılan Büyük Doğu'nun çıkmadığı dönemlerde günlük fıkra ve çesitli yazılarını Yeni İstanbul, Son Posta, Babialide Sabah, Bugün, Milli Gazete, Hergün ve Tercüman gibi gazetelerde yayımlayan Necip Fazıl, Büyük Doğu'da çıkan yazılarında kendi imzası dışında Adıdeğmez, Mürid, Ahmet Abdülbaki gibi takma isimler kullandı. 1962 yılından itibaren de hemen hemen tüm Anadolu şehirlerinde konferanslar verdi.
Necip Fazıl, Sabır Taşı adlı oyunuyla 1947 yılında C.H.P. Piyes Yarışması Birincilik Ödülü'nü almış, doğumunun 75. yıldönümünde Kültür Bakanlığı'nca "Büyük Kültür Armağanı" ödülünü (1980) ve Türk Edebiyatı Vakfı'nca "Türkçenin Yaşayan En Büyük Şairi" ünvanını almıştır.
Necip Fazıl Kısakürek yazılarını yazmaya devam ederken uzun süren bir hastalık dönemi geçirdi ve sonra 25 Mayıs 1983'te Erenköy'deki evinde öldü. Fatih'te düzenlenen cenaze merasiminden sonra Eyüp sırtlarındaki (Piyer Loti'deki) kabristana defnedildi.